山口 拓実 (YAMAGUCHI, Takumi)准教授
マテリアルサイエンス系, 生命機能工学領域, 超越バイオ医工学研究拠点
◆学位
博士(工学) 東京大学大学院
◆職歴
2015 - : 北陸先端科学技術大学院大学 , 准教授
2008 - 2015 : 分子科学研究所 , 助教
◆専門分野
生物分子化学, 生体化学, 生物有機化学, 構造有機化学、物理有機化学
◆研究キーワード
分子シミュレーション, 糖鎖, 分子認識, NMR, 超分子化学
◆研究課題
糖鎖の構造・機能解明
私たちは化学的な手法を基盤にした多角的な実験を展開し、糖鎖研究に挑んでいます。糖鎖に構造情報取得の ための化学プローブを導入することで、分子分光法による計測と分子シミュレーションを活用した立体構造解析 を可能とし、水中で揺らめく糖鎖の姿を描き出すことに成功しました。さらに、細胞表面を覆う糖鎖を模倣した モデル化合物の合成や、糖鎖を応用した細胞機能の制御にも挑戦しています。 備考

■研究業績

◆発表論文
Comprehensive characterization of oligosaccharide conformational ensembles with conformer classification by free-energy landscape via reproductive kernel Hilbert space
Tokio Watanabe, Hirokazu Yagi, Saeko Yanaka, Takumi Yamaguchi, Koichi Kato
Physical Chemistry Chemical Physics, 23, 9753-9760, 2021
Field-stepwise-swept QCPMG solid-state 115In NMR of indium oxide
Kazuhiko Yamada, Takumi Yamaguchi, Ryutaro Ohashi, Shinobu Ohki, Kenzo Deguchi, Kenjiro Hashi, Atsushi Goto, Tadashi Shimizu
Solid State Nuclear Magnetic Resonance, 109, 101688-101688, 2020
Solid-state 17O NMR analysis of synthetically 17O-enriched d-glucosamine
Kazuhiko Yamada, Yoshiki Yamaguchi, Yoshinori Uekusa, Kazumasa Aoki, Ichio Shimada, Takumi Yamaguchi, Koichi Kato
Chemical Physics Letters, 749, 137455-137455, 2020
Remodeling of the Oligosaccharide Conformational Space in the Prebound State To Improve Lectin-Binding Affinity
Tatsuya Suzuki, Saeko Yanaka, Tokio Watanabe, Gengwei Yan, Tadashi Satoh, Hirokazu Yagi, Takumi Yamaguchi, Koichi Kato
Biochemistry, 34, 3180-3185, 2020
◆Misc
糖鎖の動的構造解析
加藤晃一, 山口拓実
糖鎖生物学, 109-110, 2020
常磁性効果を活用した糖鎖の動的立体構造解析
山口拓実
日本核磁気共鳴学会機関誌, 10, 42-47, 2019
糖鎖の立体構造を描き出す
山口 拓実, 加藤 晃一
生物物理, 55, 2, 81-83, 2015
糖鎖の生命分子科学の新展開
山口拓実, 矢木真穂, 加藤晃一
機器センターたより, 7, 75-79, 2015
Structural basis for glycoprotein quality control mediated by glucose tagging in the endoplasmic reticulum
Tadashi Satoh, Takayasu Toshimori, Takumi Yamaguchi, Zhu Tong, Koichi Kato
GLYCOBIOLOGY, 24, 11, 1188-1188, 2014
◆書籍
糖鎖解析技術:核磁気共鳴(NMR)法, 糖質分析
2019
NMR characterization of the conformations, dynamics, and interactions of glycosphingolipids in NMR in Glycoscience and Glycotechnology
161-178, RSC Publishing (Cambridge), 2017
NMR Characterization of the Dynamic Conformations of Oligosaccharides in Modern Magnetic Resonance
Springer, pp 737-754, 2018, 2017
NMR explorations of biomolecular systems with rapid conformational exchanges in Molecular Science of Fluctuations toward Biological Functions
87-103, Springer, 2016
「NMR」, 糖鎖の新機能開発・応用ハンドブック~創薬・医療から食品開発まで~
265-271, エヌ・ティー・エス, 2015
◆講演・口頭発表
常磁性NMR計測を活用した糖鎖の動的立体構造解析法の開発
第38回日本糖質学会年会, 2019
糖鎖コンフォメーション空間の改変による糖−タンパク質間相互作用の制御
第17回ホスト-ゲスト・超分子化学シンポジウム, 2019
Exploration and remodeling of the dynamic conformations of biofunctional oligosaccharides
JAIST Japan-India Symposium on Advanced Science 2019, 2019
糖鎖コンフォメーション空間の探査と化学的改変
第12回バイオ関連化学シンポジウム, 大阪大学(吹田), 2018
常磁性効果を活用した糖鎖の動的構造解析
第19回若手NMR研究会, グリーンピア瀬戸内(呉), 2018

■担当講義

Analysis of Nano-Materials with Training Course, Advanced Biomolecular Science (E), Evaluation of Properties of Materials, Bioscience and Biotechnology(E), ナノ分子解析論(実習付), 先端生体分子科学特論(E), 物性評価特論, 生命機能工学特論(E)

■学外活動

◆所属学会
日本核磁気共鳴学会, 日本糖質学会, 日本化学会

■賞等

・ 日本糖質学会奨励賞 , 山口 拓実 , 2019
・ 自然科学研究機構若手研究者賞 , 山口 拓実 , 2014
・ バイオ関連化学シンポジウム講演賞 , 山口 拓実 , 2013