塚原 俊文 (TSUKAHARA, Toshifumi)教授
融合科学系, マテリアルサイエンス系,生命機能工学領域
◆学位
保健学博士 徳島大学
◆職歴
1990 - 1992 : Staff Researcher, National Institute of Neuroscience(1988), Visiting Scientist, Cold Spring Harbor Laboratory(1990-1992), Section Chief, National Institute of Neuroscience(2002), Professor, JAIST(2003)
: 疾病研究第一部
: 国立精神・神経センター神経研究所
◆専門分野
生化学、分子生物学、遺伝子工学
◆研究キーワード
DNA Chip/microarray, microarray, RNA splicing, 遺伝コード修復, 細胞分化, 遺伝子発現
◆研究課題
DNA Chip/microarrayの開発と応用
ポストゲノム研究のツールとして重要な、DNA Chipあるいはmicroarrayの開発・改良に関する研究を行う。また、同時にこれらデバイスを使って得られる生命情報の利用法について研究する。
その他バイオデバイスの開発
生物由来材料を利用した、あるいは生命情報を得るためのデバイスの研究開発。
(1) SNPs解析用の新規オリゴヌクレオチド型マイクロアレイの開発(2) P19細胞の分化過程に関する研究(3) 神経特異的スプライシング機構に関する研究(4) 神経疾患の新規治療法に関する研究
probe-on-carrier型DNA chipの開発
大規模遺伝子解析のツールであるDNAチップの作製には大きなコストが必要であるため、一枚数万円と高価なのが現状であり、これが臨床的利用の妨げの一つとなっている。本研究では、担体一体型のままガラスプレ-ト上に接着、集積化した「プローブオンキャリア型DNAチップ」の作成技術を実用化に向け徹底的に改良し完成させる。この新技術は、高度に細孔径を均一化した多孔質ガラスを固相担体として用いることによって初めて可能になったもので、高い再現性を持つDNAチップを安価で作製できる。実用化されれば、この新型チップは従来法に比べて数十分の一のコストで作成可能と試算される。本研究ではまた、プローブ合成効率の飛躍的改善のため、核酸合成には塩基部無保護法を導入し、その自動化も行う。本技術の完成によって、20塩基プローブで95%以上の精度という高い信頼性と設計の自由度を持ち、低価格で実際に臨床利用が可能な日本独自のDNAチップシステムが構築できる。

■研究業績

◆発表論文
Single nucleotide recognition using a probes-on-carrier DNA chip
Saifullah, Fuke Satoshi, Nagasawa Hiroshi, Tsukahara Toshifumi
BIOTECHNIQUES, 66, 2, 73-78, 2019/02
Comparative Activity of Adenosine Deaminase Acting on RNA (ADARs) Isoforms for Correction of Genetic Code in Gene Therapy
Azad Md Thoufic A, Qulsum Umme, Tsukahara Toshifumi
CURRENT GENE THERAPY, 19, 1, 31-39, 2019
Genetic code restoration by artificial RNA editing of Ochre stop codon with ADAR1 deaminase
Sonali Bhakta, Md Thoufic Anam Azad, Toshifumi Tsukahara
Protein engineering, design & selection : PEDS, 31, 471-478, 2018/12/01
Tissue-specific alternative splicing of pentatricopeptide repeat (PPR) family genes in Arabidopsis thaliana
Qulsum Umme, Tsukahara Toshifumi
BIOSCIENCE TRENDS, 12, 6, 569-579, 2018/12
Genotyping of single nucleotide polymorphisms using the SNP-RFLP method
Saifullah, Tsukahara Toshifumi
BIOSCIENCE TRENDS, 12, 3, 240-246, 2018/06
◆書籍
"New Developments in Alternative Splicing Research"Comprehensive Analyses of Alternative Exons in Neuronally Differentiated P19 cells
Hitoshi Suzuki, Toshifumi Tsukahara, Nova Science Publishers, Inc, 2013
多孔質ガラスのバイオメディカルへの応用
長澤 浩, 塚原 俊文, 未来材料(株)エヌ・ティー・エス, 2011
新しいDNAチップの科学と応用
関根 光雄, 講談社サイエンティフィク, 分担執筆, 新しいDNAチップの科学と応用,塚原俊文、長澤浩, 講談社, 9784061538641, 2007
Methods in Molecular Medicine-Neurogenetics: Methods and Protocols,
Humana Press, 2003
◆講演・口頭発表
Possibility of Genetic Code Restoration by Chemical RNA EditingBIT's
Toshifumi Tsukahara, Vu Thi Luyen, Hitoshi Suzuki, Kenzo Fujimoto
BIT's Biopharmaceutical Summit 2013, Frankfurt, 2013/08/07
Possibility of Genetic Restoration for a Disease Treatment
Toshifumi Tsukahara, Yu Ooka, Shafiul Alam, Hitoshi Suzuki, Kenzo Fujimoto
ICMSA02011, Kuala Lumpur, Malaysia, 2011/04/19

■担当講義

Medical Biomaterials, Biofunction and Organization(E), Transdisciplinary Session I, 医用生体材料特論, バイオ機能・組織化特論(E), 異分野「超」体験セッションⅠ

■学外活動

◆所属学会
The RNA Society, 日本RNA学会, 日本分子生物学会, 日本生化学会