第一原理計算とデータ科学的アプローチ
ダムヒョウチ,水上卓
化学と教育, 67, 2, 62-64, 2019
Molecular Dynamics Study of Gramicidin A in Lipid Bilayer: Electrostatic Map and Ion Conduction
Hiroaki SAITO, Masashi IWAYAMA, Kazutomo KAWAGUCHI, Taku MIZUKAMI, Takeshi MIYAKAWA, Masako TAKASU, Hidemi NAGAO
JPS Conf. Proc., 012053-, 2014
Molecular Dynamics Simulations of the Hras-GTP Complex and the Hras-GDP Complex Miyakawa Takeshi, Morikawa Ryota, Takasu Masako, Sugimori Kimikazu, Mizukami Taku, Kawaguchi Kazutomo, Saito Hiroaki, Nagao Hidemi
INTERNATIONAL JOURNAL OF QUANTUM CHEMISTRY, 113, 21, 2333-2337, 2013
A Molecular Dynamics Study of Hras–GTP and GDP Complexes: the Properties of Water Molecules around Guanine Nucleotide 宮川毅, 森河良太, 高須昌子, 杉森公一, 水上卓, 川口一朋, 斎藤大明, 長尾秀実
AIP Conference Proceedings, 1518, 594-, 2013
Molecular dynamics study of gramicidin a in lipid bilayer: Structure and lateral pressure profile Hiroaki Saito, Masashi Iwayama, Hiroyuki Takagi, Megumi Nishimura, Takeshi Miyakawa, Kazutomo Kawaguchi, Masako Takasu, Taku Mizukami, Hidemi Nagao
INTERNATIONAL JOURNAL OF QUANTUM CHEMISTRY, 112, 24, 3834-3839, 2012
The Potentials of the Atoms around Mg2+ in the H-ras GTP and GDP Complexes 宮川毅, 森河良太, 高須昌子, 杉森公一, 水上卓, 川口一朋, 斎藤大明, 長尾秀実
Progress in Theoretical Chemistry and Physics, 26, 525-543, 2012
Solvation Effect on the Structural Change of a Globular Protein: A Molecular Dynamics Study Taku Mizukami, Hiroaki Saito, Shuhei Kawamoto, Takeshi Miyakawa, Masashi Iwayama, Masako Takasu, Hidemi Nagao
INTERNATIONAL JOURNAL OF QUANTUM CHEMISTRY, 112, 1, 344-350, 2012
3P-038 エネルギー表示法による球状タンパク質の溶媒和自由エネルギー計算(蛋白質-物性(安定性,折れたたみなど),第47回日本生物物理学会年会) Saito Hiroaki, Matsumoto Keisuke, Nakamura Riki, Mizukami Taku, Nishikawa Kiyoshi, Nagao Hidemi
生物物理, 49, S157-, 2009
3P-039 アズリン(II)-シトクロム(II)複合体の水和構造の違いによる安定性の変化(蛋白質-物性(安定性,折れたたみなど),第47回日本生物物理学会年会) Nakamura Riki, Matsumoto Keisuke, Saito Hiroaki, Mizukami Taku, Tateno Masaru, Nishikawa Kiyoshi, Nagao Hidemi
生物物理, 49, S157-, 2009
2P-034 分子動力学法を用いた酸化型アズリン-還元型シトクロムC_<551>複合体の熱力学的安定性(蛋白質-物性(安定性,折れたたみなど),第47回日本生物物理学会年会) Matsumoto Keisuke, Nakamura Riki, Mizukami Taku, Saitou Hiroaki, Tateno Masaru, Nishikawa Kiyoshi, Nagao Hidemi
生物物理, 49, S111-, 2009
Tautomerism of histidine 64 associated with proton transfer in catalysis of Carbonic Anhydrase Shimahara Hideto, Yoshida Takuya, Sugimori Kimiichi, Sugiyama Ayumu, Mizukami Taku, Nagao Hidemi, Nakazawa Takashi, Ohkubo Tadayasu, Kobayashi Yuji
FASEB JOURNAL, 22, 13, 9646-9656, 2008
1P-063 QM・NMR法による炭酸脱水酵素の機能に重要なHis残基の挙動解析と触媒機構解明(蛋白質・構造機能相関(1),第46回日本生物物理学会年会) Shimahara Hideto, Sugimori Kimiichi, Sugiyama Ayumu, Mizukami Taku, Yoshida Takuya, Nagao Hidemi, Nakazawa Takashi, Ohkubo Tadayasu, Kobayashi Yuji
生物物理, 48, S30-, 2008
2P-273 階層的クラスター分析によるPYP周辺水分子グローバル構造の解析 : 蛋白-水の構造相関について(光生物・視覚,光受容(2),第46回日本生物物理学会年会) Mizukami Taku, Sugiyama Ayumu, Purquon Acep, Nakamura Riki, Matsumoto Keisuke, Saito Hiroaki, Nagao Hidemi
生物物理, 48, S117-, 2008
Free energy calculation of docking structure of Azurin(I)-Cytochrome c(551)(III) complex systems by using the energetic representation Nishikawa Keigo, Yamamoto Tetsunoni, Sugiyama Ayumu, Purqon Acep, Mizukami Taku, Shimahara Hideto, Nagao Hidemi, Nishikawa Kiyoshi
COMPLEX SYSTEMS-BOOK 1, 982, 780-+, 2008
Theoretical study of free energy in docking stability of Azurin(II)-Cytochrome c(551)(III) complex system Tetsunori Yamamoto, Keigo Nishikawa, Ayumu Sugiyama, Acep Purqon, Taku Mizukami, Hideto Shimahara, Hidemi Nagao, Kiyoshi Nishikawa
COMPLEX SYSTEMS-BOOK 1, 982, 784-+, 2008
3P358 自由エネルギー計算によるAzurin(I)-Cytochrome c_<551>(III)複合体のドッキング構造安定性に関する研究(その他,ポスター発表,第45回日本生物物理学会年会) 西川 佳吾, 山本 哲徳, 杉山 歩, Acep Purqon, 水上 卓, 島原 秀登, 長尾 秀実, 西川 清
生物物理, 47, S292-, 2007
2P284 Free Energy Calculation of Spaghetti-like Nanoclusters by using The Energetic Representation(Native and artificial biomembranes-dynamics,Poster Presentations) Purqon Acep, 西川 佳吾, 山本 哲徳, 水上 卓, 島原 秀登, Sugiyama Ayumu, 長尾 秀実, 西川 清
生物物理, 47, S184-, 2007
Roles of amino acid residues near the chromophore of photoactive yellow protein Y Imamoto, H Koshimizu, K Mihara, O Hisatomi, T Mizukami, K Tsujimoto, M Kataoka, F Tokunaga
BIOCHEMISTRY, 40, 15, 4679-4685, 2001